微生物是生物，因此会受到，温度、水分、pH值等，土壤环境的影响。
户外温度（气温），会随着不同季节，在一天之内，出现剧烈的变化。土壤下的温度（地温），也会在气温的影响下变动。与气温相比较，地温变动的幅度虽然小，但却直接影响，土壤微生物的活力。大部分土壤微生物的活力，在30~40°C最旺盛。而大部分植物，最适合的温度，在20~30°C此差异会影响土壤有机物的数量。例如在温带，这种植物的生产力，大于土壤微生物的活力的地区，土壤中的腐殖质会增加，使土壤呈现黑色。但是在热带，这种土壤微生物的活力更旺盛的地区，腐殖质不会增加，因此土壤不会变黑。空气（氧）对某些微生物来说是必需的，对某些微生物则否。但是，水，是所有微生物生存的必要条件。若土壤空隙中完全没有水分，微生物便完全无法生存。但土壤空隙如果填满了水，则只有不需要氧气的厌氧菌，可以生存。厌氧菌又分为，在有氧气的环境中依然可以活动的兼性厌氧菌，以及只要有氧气就无法生存的绝对厌氧菌。对土壤的物质代谢，最有影响力的是，好氧菌。它们在土壤空隙的50~60%充满水分的时候，活力最旺盛。大部分的微生物都喜好，中性的pH值。但随着微生物种类的不同，最适合的pH值也会有所差异。一般认为，细菌和放线菌喜好 6~7.5pH 的中性，丝状真菌喜好 5~6pH 的弱酸性，但也有像乳酸菌,这种喜欢强酸性的细菌。虽然我们看不见，也搞不清，大多数的土壤微生物，但是我们却能够，通过嗅觉，感知它们的存在。所谓的“ 泥土的芬芳“，就是土壤微生物所散发的味道。健康的土壤，它的 “土味” 的确是芬芳的。相反，经过消毒，或者太湿、太干，等不适合微生物生长的土壤，闻起来则有苦味，不为人所喜爱。或许，人类根据长久以来，从事狩猎，采集和农耕活动的经验，已经可以，通过嗅觉来辨认，土壤的肥沃与否。
也就在我们不经意之间，和土壤里这些，看不见的生命，有了连结。
