土壤中的有机物，有活着的生物，和活着的植物（的根）。除此以外的有机物，称作 ”土壤有机物“。
土壤有机物，可分为生物遗体（新鲜有机物），与其分解物 （非腐殖质物质），以及土壤中原有的，暗色无定形状态的，高分子化合物 — “腐殖质物质”上述物质，复杂的结合之后，便形成了，腐殖质它是土壤有机物的主要形式。
根据溶解性，腐殖质可分为三类：
腐殖素 (Humin，又称 胡敏素）
既不溶于酸也不溶于碱
腐殖酸 (HA, 又称 胡敏酸）
只溶于碱不溶于酸
黄腐酸 (FA，又称 富里酸）
既溶于酸又溶于碱
腐殖质的生成，需要三个阶段：
第一阶段
淀粉、糖类、氨基酸等，低分子有机物，会先被土壤微生物分解，形成二氧化碳、水和氨等。这种分解作用，在土壤中要花上几天，才能完成。在水田等厌氧条件下，有时会生成有机酸，更进一步形成甲烷。
第二阶段
土壤微生物分解的，是高分子化合物。这个过程将会花上数月。首先是蛋白质被分解为氨基酸，再变成二氧化碳、水和氨。氨基酸和蛋白质所生成的氨，大部分都被微生物吸收，作为构成菌体的成分。接着是属于纤维成分的，半纤维素与纤维素被分解，先变成糖类、有机酸，最后变成二氧化碳和水。最后被分解的是木质素。木质素是微生物最难以分解的物质。
第三阶段
需要经历数年的时间。木质素被分解后，会形成多酚和醌化合物。这些物质在土壤中，因为氧化作用，及蛋白质分解物的，聚合、缩合，渐渐变成，拥有复杂构造的，腐殖质。 腐殖质逐渐蓄积在土壤中，打造肥沃的土壤。
